L’hypothyroïdie étant dans la majorité des cas, une maladie définitive, le traitement doit être poursuivi indéfiniment. Des doses élevées d’hormones thyroïdiennes ne doivent pas être associées avec certains médicaments pour la perte de poids, comme l’amfépramone, la cathine et la phénylpropanolamine, car le risque d’effets indésirables graves, voire potentiellement mortels peut augmenter. Entreposez ce médicament à la température ambiante, à l'abri de la lumière et de l'humidité et hors de la portée des enfants. Toutefois les médecins préconisent de prendre ce médicament le matin à jeun, ou à distance des repas, afin de favoriser son absorption. En décembre 2018, l'Agence nationale de sécurité du médicament établit que la nouvelle formule du Lévothyrox n'a pas provoqué d’augmentation des problèmes de santé graves. La prise avant le coucher permettrait un meilleur taux sanguin en hormones thyroïdiennes, sans que cela semble changer quoi que ce soit dans l'efficacité ressentie.